Две винды и испорченные файлы
 

Возможно ли такое:
стояло 2 винды, хр и семерка. А после того как поставили новую материнку и только семерку, чекдиск начал стирать данные файлов. Когда нажали ОТМЕНА оказалось что все файлы остались, но их ничем нельзя открыть. Связанно ли это както с такой сменой винды?

Больше похоже на то, что просто накрывается диск, врятли на нем могут испортиться данные из-за переустановки ОС. Посмотрите содержимое файлов которые не открываются, возможно там только одни заголовки, а внутри все пусто.