Решаем так.
Скачиваем Супер
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]
по последней ссылке, там он бесплатный. При инсталляции смотри в три глаза, отказывайся от установки всякой фыгни.
Загружаем твой файл. Задаём "Syream copy" для видео и для аудио. Интересно, что в списке дорожек аудио не видно, но в конечном файле оно будет. Контейнер задаём mkv. И вперёд.
Лично меня бы mkv более чем устроил. Но ты, я так понял, задумал заниматься монтажом, а многие монтажки mkv не жрут.
При помощи tsMuxerGUI этот mkv ты в ts не перекинешь, так как контейнер ts не поддерживает этого типа видео.
Поэтому.
При помощи MKVExtract расчленяешь матрёшку на видео и аудио. Далее классическим Виртуал Дабом в режиме прямоточного копирования собираешь avi с видео и звуком. Avi скармливаешь, чему угодно.